Ebenso prägend in der Geschichte Jordaniens war das Ausfechten des Sechstagekrieges.
Hierbei kam es erneut zu einer Auseinandersetzung zwischen den arabischen Staaten und Israel.
Der Sechstagekrieg begann am 5. Juni des Jahres 1967, als die israelische Luftwaffe auf die ägyptischen Flugfelder in Sinai schoss. Dieser Anschlag war zwar von israelischer Seite aus geplant gewesen, dennoch hatte es keine Kriegserklärung gegeben. Die Taktik von Israel war wesentlich für den weiteren Kriegsverlauf.
Dadurch, dass von Ägypten 385 Flugzeuge zerstört und die Start- und Landebahnen unbrauchbar gemacht wurden, hatte das afrikanische Land keine Möglichkeit, sich angemessen zur Wehr zu setzen. Die Überlegenheit was den Krieg über die Luft anbelangt, lag also eindeutig bei Israel. Doch Ägypten wurde nun auch noch durch Bodentruppen überrascht.
Der in Jordan amtierende König Hussein sollte nicht in den Krieg vermittelt werden. Jedoch folgte er dem Aufruf nicht und entsandte seine Artillerie, wodurch nun auch Jordanien in den Sechstagekrieg verwickelt war. Am 6. und 7. Juni wurde die Sinai-Halbinsel erobert. Ägypten antwortete mit Rückzug, doch ein Ende des Krieges war dennoch nicht in Sicht.
Fortgesetzt wurde der Sechstagekrieg durch die Schlacht, welche um den Golan stattfand und ebenfalls von den Israelis gewonnen wurde. Die syrischen Truppen flohen beim Angriff Israels, so dass die Truppen leichtes Spiel hatten. Nun hatte Israel alle feindlichen Linien durchbrochen und war auf dem Weg, auch noch Kairo, Jordaniens Hauptstadt Amman und Damaskus zu erobern.
Beendet wurde der Sechstagekrieg letztendlich am 11. Juni durch die Unterzeichnung des Waffenstillstandes. Zwei Monate später fand ein Gipfeltreffen statt, bei dem alle arabischen Staaten anwesend waren. Man war sich einig darüber, dass Israel fortan sein Recht verwirkt hatte, Verhandlungen zu führen oder anerkannt zu werden.
Insgesamt gab es eine traurige Bilanz auf ägyptischer Seite. Man geht davon aus, dass mehr als 15.000 Soldaten auf ägyptischer Seite fielen. Aber nicht nur Mitglieder der Streitkräfte, sondern auch Zivilisten, Frauen und Kinder wurden Opfer des Sechstagekriegs. Außerdem gab es Kriegsgefangene, von denen auf beiden Seiten zahlreiche misshandelt und exekutiert wurden.
